Faktor Intern
Faktor ini berasal dari dalam diri seseorang yang merasa dirinya mempunyai jiwa perempuan namun berada di dalam tubuh lelaki. Waria jenis ini memang kebanyakan dari waria yang ada, dimana mereka merasa tidak sesuai dan merasa ada yang mengganjal dalam diri mereka ketika mereka berperan menjadi lelaki.
Hal ilmiah yang menjelaskan fenomena adalah adanya kelaianan secara hoemonal dan kromosom, ini karena terjadi mutasi gen dimana model gen lelaki seharusnya XYY, namun kerena terjadi mutasi, gen wanita (Y) lebih mendominasi, sehingga pada lelaki tersebut mempunyai model gen XXY, maka muncullah kelainan kelainan seperti laki laki yang timbul buah dadanya, dan juga lelaki yang bernaluri seperti perempuan.
Jika mengutip isi dari kitab Fathul Bari di atas. Faktor ini seperti inilah yang islam memperbolehkannya, intinya adalah tidak adanya keterpaksaan dari awal dia menentukan dirinya menjadi waria.
seperti mami Vinolia Wakijo, waria yang menjadi ketua kebaya (Keluarga Besar Waria Yogyakarta). mengaku awal awal dirinya menjadi waria adalah karena dalam dirinya memang mempunyai jiwa wanita, namun tubuhnya lelaki.
Faktor Ekstern
Sedangkan faktor eksten dibagi menjadi 5 faktor :
b.1. Tuntutan Keluarga
Seorang yang sejak kecil sudah dibentuk menjadi karakter yang seperti lawan jenis oleh kedua orang tuanya, akan menjadikan dirinya menjadi waria, hal tersebut bisa dipicu oleh keinginan orang tuanya untuk memiliki anak dengan kelamin yang mereka inginkan.
Seperti Waria Mentul yang mengaku sejak kecil dia sudah dibentuk menjadi karakter seperti perempuan oleh kedua orang tua. Dia juga menyatakan bahwa hal tersebut dipicu oleh keinginan orang tuanya untuk memiliki anak perempuan.
b.2. Faktor Ekonomi
Sebagai masalah klasik ekonomi memegang peranan penting dalam pembeniukan karakteristik seseorang, orang akan melakukan apapun untuk memmenuhi kebutuhan ekonominya, tidak terkecuali ketika tuntutan kebutuhan yang meningkat, dan lapangan pekerjaan tidak memadai. Seseorang akan memilih jalan pintas untuk memenuhi kebutuhan dengan cara yang mudah dan cepat.
Sifat waria ini biasanya hanya unutk mendapatakan uang semata (kepura-puraan), namun hal ini malah menjerat mereka menjadi keblabasan. Cara unutk memenuhi kebutuhannya pun beragam, ada yang menjadi pengamen, penari, pelaku hiburan, hingga pekerja seks komersial(PSK).
Seperti Hendra Gunawan alias indah. Waria taman lawang berusia 26 ini sudah menjadi waria sejak 3 tahun yang lalu, Indah mengaku alasanya merubah jati dirinya adalah karena keterbatasan ekonomi.
b.3. Traumatis
Faktor ini terjadi di masa lalu sesorang yang tidak bisa dilupakanya, sehingga ia merasa nyaman saat menjadi waria, sebagai cara yang bisa membuatnya lupa (pelampiasan), penyebab trauma ini biasanya berupa perlakuan tidak senonoh seperti tindak asusila, disakit, dihianati oleh lawan jenisnya.
Seseorang dengan trauma karena tindak asusila merasa dirinya sudah ternoda, atau dalam istilah lain sesorang merasa merasa sudah kepalang tanggung maka dari itu mereka mencari pelampiasan dengan merubah penampilan, dan saat merubah penampilan itulah dia merasa nyaman.
Seperti chacha, sejatinya dia sudah tunangan dan ada rencana menikah, namun, pacarnya main serong dan hamil oleh orangg lain. Chacha pun frustasi dan trauma menjalin cinta dengan perempuan sehingga dia kenal dengan dunia waria.
b.4. Faktor Lingkungan
Masyarakat di sekitar Tempat tinggal seseorang mempunyai peran yang cukup signifikan dalam pembentukan karakter sesorang.
Seorang laki laki yang dari kecil tinggal dikawasan lokalisasi atau, salon waria, atau berteman dengan perempuan dan bermain mainan perempuan menjadikan dirinya cenderung menumbuhkan sikap feminim, inilah benih benih waria dalam diri lelaki.
Selain itu terlalu ketatnya aturan atau norma yang berlaku menyebabkan sesorang mempunyai orientasi sex yang menyimpang.
Seperti Anwar yang merubah namanya menjadi bela karena statusnya menjadi waria, ia menjadi waria karena lingkungan tempat tinggalnya yang banyak tinggal waria. Dan orang tuanya sebagai penata rias di salon membolehakn bela berinteraksi tanpa batas dengan waria.
b.5. Faktor Budaya
Praktek waria sejatinya sudah ada sejak ribuan tahun yang lalu berawal dari cerita paling terknal di zaman nabi Luth, kemudian seorang raja Romawi Julius Caesar, (Alezander the great) Raja Macedonia yang juga mempunyai kepribadian ganda , seorang waria.
Sedangkan di indonesia sendiri praktek waria ada bahkan di daerah yang terkesan agamis. Daerah pertama yangg mempunyai budaya waria adalah Aceh. Ada sebuah tarian di Aceh yang di sebut tarian roteb sadati, seorang anak laki laki dandani mirip dengan perempuan.
Lebih parah di daerah Ponorogo. Ada sebuah budaya berbau mistis yang menjadikan seorang lelaki muda sebagai budak sex seseorang untuk mencapai kesaktiannya. Budaya ini terkenal dengan istilah warok.